از طرف دیگر خزانه کشور تهی و مملکت دچار فقر اقتصادی بود و گردانندگان دستگاه اداری کشور هم درپی حفظ منافع خود بودند و اختلاف ۱۷ ساله دولت و رویتر و روابط دوستانه صدراعظم وقت و سفیر انگلیس نیز بر این همه مزید گشته بود.
در امتیازنامه قید شده بود که: «بانک شاهنشاهی در سهولت تادیه جات خزانه عامره چه در ایران و چه در خارجه کوتاهی نخواهد کرد و برای هر خدمتی که دولت علیه به او رجوع کند گماشتگان دولت و روسای بانک حقی که باید در این باب به بانک داده شود معین خواهند کرد.» اثر این خدمت آن بود که وجوه متعلق به دولت از قبیل مالیات‌ها و عوارض و مال‌الاجاره گمرک‌ها در حساب‌های مخصوصی تمرکز پیدا کرد و نقل‌وانتقالات آن وجوه نیز به دست بانک افتاد و کارمزد آن نیز به‌صورت ثابتی معین نشد که هر وقت بتوانند ماموران دولت را تحت تاثیر قرار دهند. یا احتیاج دولت را به نقل وجهی مشاهده کنند میزان آن را به دلخواه معین کنند. تازه بانک در مقابل تعهد خود، دایر به تسهیل در پرداخت‌های دولتی تا وقتی عمل می‌کرد که حداکثر سود صاحبان سهام تامین شود. وسیله دیگر رابطه بانک با دولت وعده قرضی بود که به دولت داده بود. این وعده مبنی بر این بود که: «پس از تشکیل و تهیه سرمایه خود، بانک شاهنشاهی تعهد می‌کند که مبلغ دوکرور فرانک یعنی ۴۰ هزار لیره انگلیسی برای مدت ۱۰ سال سالی صدی شش تنزیل به بندگان اعلیحضرت شهریاری قرض بدهد و اصل آن تنخواه و منافعش به موجب میل بندگان اعلیحضرت اقدس شهریاری از بابت صدی شش منافع خالص که بر حسب فصل هفتم این امتیازنامه به پیشگاه سلطنت تعهد شده است محسوب خواهد شد.»
با این دو وسیله بانک توانست اولا مقدار معتنابهی پول در گردش را به صندوق خود سرازیر کند، ثانیا از بابت کارمزد آن، نفعی مستمر برای خود دست و پا کند، ثالثا رقبای خود یعنی صرافان ایران را ناتوان سازد، رابعا اسباب استیلای خود را بر امور مالی کشور فراهم سازد «چه تمرکز حساب‌های دولت و وجوه خزانه در بانک و دخالت موسسه مزبور در کلیه نقل‌وانتقالات کشوری و لشکری، از جمله پرداخت حقوق ماموران دولت و افراد ارتش به تدریج…» این مساله را مسلم می‌ساخت. علاوه بر امور مزبور، بانک در ضرابخانه دولتی نیز مداخلاتی کرد و از این راه نیز سود بسیاری به‌دست آورد، ولی در مقابل اینکه «قبول پایه طلا برای پول ایران و همکاری با دولت برای مقصود…» را در امتیازنامه تعهد کرده بود» هرگز قدمی برای وصول به آن بر نداشت» و تازه استفاده دولت و خزانه مملکت هم از موسسه مزبور، در صورتی میسر بود که متضمن سود قابل‌توجهی برای بانک باشد….»
«ذیلا یک نمونه از این قراردادهای نقل‌وانتقال وجوه دولتی به وسیله بانک را به نظر خوانندگان می‌رساند.»
«قرارداد ذیل فی‌مابین جناب جلالت‌مآب اجل اکرم، آقای صنیع‌الدوله وزیر خزانه مبارکه دام اقباله و مقرب الخاقان موسیورابینو رئیس کل بانک شاهنشاهی ایران به شرایط مشروحه ذیل منعقد شد.
فصل اول- از وجوه مالیاتی ولایات و عواید گمرکات ایران در هر منطقه که بانک شاهنشاهی شعبه دارد، به آن شعبه تسلیم و تحویل خواهد شد به مبلغی که اقلا در سال ۷۵۰ هزار تومان باشد.
فصل دوم- این وجوهات تحویلی در روزی که به شعب بانک مزبور تسلیم می‌شود باید همان روز در بانک تهران به موعدهای مقرره ذیل به حساب جناب جلالت مآب اجل اکرم آقای صنیع‌الدوله وزیر خزانه ثبت شود.
دربوشهر و شیراز ۷۵ روز بعد از تحویل. همدان ۶۰ روز بعد از تحویل. رشت ۳۰ روز بعد از تحویل. اصفهان و یزد ۴۰ روز بعد از تحویل. تبریز و مشهد ۲۱ روز بعد از تحویل.
بانک شاهنشاهی ایران از این بابت حق مطالبه حق‌السعی نخواهد داشت فقط حق‌الزحمه بانک همان فرجه‌هایی است که در فوق مذکور شده است.
فصل سیم- در ولایاتی که بانک شاهنشاهی شعبه ندارد در باب اخذ وجوهات خود رئیس بانک تدابیر خود را به معرض جناب معظم‌الیه برساند.
فصل چهارم- بانک شاهنشاهی به دفعات به جناب وزیر خزانه تنخواه مساعده خواهد داد که بعد از اقساط ماخوذی خود بردارد ولی مبلغ مساعده که طلب بانک از خزانه مبارکه می‌شود هیچ وقت از یکصد هزار تومان تجاوز نخواهد کرد.
فصل پنجم- وجوه مساعداتی که بانک شاهنشاهی به جناب وزیر خزانه مبارکه عاید خواهد داشت و وجوهاتی که جناب وزیر خزانه به بانک تسلیم می‌کند میزان تنزیل هر دو در سال از قرار صدی ده خواهد بود و سالی دو مرتبه تفریغ محاسبات طرفین باید بشود یکی در اول حمل عید نوروز سلطانی و یکی در بیستم سپتامبر مسیحی.
فصل ششم- دولت بندگان اعلیحضرت اقدس شاهنشاهی تقبل و تعهد می‌کند که هرگاه در وزارت خزانه تغییر و تبدیلی داده شود تتمه طلب بانک را از خزانه اصلا فرعا آنچه در حین تغییر وزارت بشود به بانک برسانند.
فصل هفتم- این قرارداد مدت یکسال از ۲۰ مارس ۱۸۹۷ مسیحی، ممضی(امضا شده)و بر دوام خواهد بود و زمان انقضای مدت دوباره بررضایت طرفین تجدید تواند شد. در دو نسخه در تاریخ ماه مارس مسیحی ۱۸۹۷ مطابق شوال ۱۳۱۴ نوشته شد. در تهران ضامن بقای این مداخلات یکی دو فقره قرضی بود که بانک به دولت داد. از آن جمله وام ۵۰۰ هزار لیره‌ای پانزدهم مه ۱۸۹۲م (۱۸ شوال ۱۳۰۹ق) که جهت پرداخت غرامت در قضیه رژی با ربح صدی شش و برای مدت چهل سال به دولت داد و در عوض عواید گمرک‌های جنوبی ایران را به رسم وثیقه در اختیار گرفت. این وام «بانک را… از لحاظ سیاسی دارای موقعیتی ممتاز کرد…» و از بابت اطمینان و استحکام کار، وام‌هایی به شاه، درباریان، علماء، رجال و افراد متنفذ کشور داده شد که رفته رفته صورت انعام و هدایای سیاسی به خود گرفت و چون طبعا این وام‌ها بدون خواهش نبود، وام گیرندگان موظف به ادای خدمات ارزنده بودند و اگر در نظر بیاوریم که بانک هم تجارت می‌توانست بکند، هم صرافی، هم حق ساختن راه داشت و هم حق استخراج معادن و هم حق نشر اسکناس، به این ترتیب متوجه می‌شویم که نفوذ قطعی و کامل آن در دستگاه دولت باعث می‌شد که کنترل کامل امور ایران در دست بانک قرار گیرد.
با این همه، روزنامه رسمی ایران در شماره ۶۷۸ مورخ یکشنبه شانزدهم جمادی‌الثانی ۱۳۰۶ هجری قمری (۱۷ فوریه ۱۸۸۹) در مقدمه امتیازنامه نوشت: «چون همواره همت اعلی بندگان اعلیحضرت اقدس همایون شاهنشاهی خلدالله تعالی ملکه و دولته مصروف آبادانی مملکت و مزید سود و ثروت و ترویج کلیه شعب صناعت و تجارت دولت علیه ایران است. در این زمان امتیاز ایجاد بانک… مرحمت فرمودند…»
