یک فراگیری وحشتناک در ۱۳۳۱ میلادی که احتمالا طاعون بود بر استان هوبی در شمال شرقی چین تاثیر گذاشت. این احتمالا آغاز جهانگیری بعدی بوده است که از استپ آسیا عبور کرده به کافا در سواحل دریای سیاه در ۱۳۴۶ میلادی رسید. طاعون از آنجا به بعد با کشتی به بیزانس، برخی از نقاط جنوب ایتالیا برده شد و نیز احتمالا در سال ۱۳۴۷ میلادی به مارسی در جنوب فرانسه رسید. تا سال ۱۳۴۸ میلادی از منطقه مدیترانه و بقیه اروپا فراتر رفت.
مرگ سیاه به تنهایی در اروپا و مدیترانه تا ۵۰میلیون نفر را کشت که به معنی واقعی کلمه دومین جهانگیری بد در تاریخ بشر بود، در رده دوم بعد از آنفلوآنزای اسپانیایی ۱۹۱۹-۱۹۱۷ بود که بین ۵۰ تا ۱۰۰ میلیون نفر را کشت که از لحاظ مرگ ومیر در درجه نخست است. طاعون در طول سه قرن بعدی اتفاقی تقریبا رایج شد؛ اگرچه درباره شیوع بیماری‌ها یک قرن بعد از مرگ سیاه اطلاعات کمی داریم، آن‌دسته که در قرون شانزدهم، هفدهم و هجدهم رخ داده‌اند مفصل مطالعه شده‌اند.
دو طاعون قرن هفدهم مورد توجه ویژه‌اند چرا که برای بسیاری از مناطق اروپا بعد از مرگ سیاه بدترین بودند. آنها ظاهرا هر دو توانایی ایجاد واگیر طولانی مدت بین مناطق بیشتر و کمتر تاثیرگرفته را دارند.
طاعون سال ۱۶۲۳ تا ۱۶۳۲ در اروپای شمالی آغاز شد (شمال فرانسه، هلند و راینلند) و تا سال ۱۶۲۵ به انگلستان و شمال و مرکز آلمان هم سرایت کرده بود. سپس از طریق شرق فرانسه و جنوب آلمان به سمت جنوب حرکت کرد. تا سال‌های ۱۶۲۹-۱۶۲۸ کمربندی از پیرنه تا باواریا و سوئیس دچار بیماری شده بود.
طاعون در سال ۱۶۲۹ وارد شمال ایتالیا شد و در ۱۶۳۱ به توسکانی سرایت کرد اما بقیه ایتالیا در امان ماند. طاعون از لمباردی تا کاتالونیا شیوع پیدا کرد که در کاتالونیا در طول سال‌های ۱۶۳۰-۱۶۲۹ در حال گسترش بود.
طاعون در سال‌های ۱۶۵۷-۱۶۴۷ در شرق اسپانیا منتشر شد که احتمالا از آفریقای شمالی وارد شده بود. سپس آندلس و دیگر مناطق اسپانیا و نیز مجمع‌الجزایر بالاریک را دربرگرفت. در سال ۱۶۲۵ به ساردینیا و در ۱۶۵۶ به پادشاهی ناپل سرایت کرد. در طول سال‌های ۱۶۵۷-۱۶۵۶ همه مناطق جنوب ایتالیا (به‌جز سیسیل) و نیز مرکز ایتالیا (به‌جز توسکانی) و لیگونیا به سمت شمال مبتلا شده بود.
طاعون‌های قرن هفدهم به چرخه‌ای از همه‌گیری‌ها تعلق دارند که غالبا «جهانگیری دوم» نامیده می‌شوند که با مرگ سیاه آغاز و فقط در قرن هجدهم و اوایل قرن نوزدهم پایان یافت. «جهانگیری سوم» پس از جهانگیری دوم رخ داد که از منطقه‌ای در چین در اواخر قرن نوزدهم نشات گرفت. هنگ‌کنگ در سال ۱۸۹۴ مبتلا شد.
از آنجا طاعون از طریق کشتی‌ها به سراسر جهان سرایت پیدا کرد. در سال ۱۸۹۶ به هند رسید که در طول مدت کم چند دهه ۵/ ۱۲ میلیون نفر مردند. موج طاعون هنگ‌کنگ شیوع اندکی در اروپا یافت، از فراگیری ۱۹۰۰ گلاسگو با ۱۶ فوتی گرفته تا همه‌گیری ۱۹۲۰ پاریس با ۳۹ فوتی. مهم‌تر از آن در سال ۱۹۰۰ بود که طاعون از اقیانوس عبور کرد و به سان‌فرانسیسکو رسید که در طول سال‌های ۱۹۰۰-۱۹۰۴ در یک همه‌گیری عامل ۱۱۳ فوتی بود.
طاعون از سان‌فرانسیسکو به سمت شرق حرکت کرد و جوندگان وحشی را مبتلا کرد و در نتیجه منحصر به منطقه‌ای خاص شد. جهانگیری سوم هم‌اکنون در راه است.
سازمان بهداشت جهانی بین سال‌های ۲۰۱۰ و ۲۰۱۵، ۳۲۴۸ مورد طاعون انسانی را در سراسر جهان گزارش کرد که ۵۸۴ فوتی داشت؛ ۹۶ درصد در آفریقا، ۳درصد در آمریکا (۳۹مورد با ۵ فوتی در ایالات‌متحده آمریکا) و یک درصد هم در آسیا رخ داد طاعون را با نشانه‌های مقاوم به آنتی‌بیوتیک باید «بیماری‌ای واگیردار» و خطر جدی جهانی دید. نخستین جهانگیری که تا اندازه‌ای توسط محققان گذشته مغفول ماند اخیرا عامل بالقوه‌ای در افول امپراتوری روم بوده و توجهات را به خود جلب کرده است.
آن مسلما با ارتباط با طاعون ژوستینین که در ۵۴۱ میلادی شروع شد تلاش امپراتوری بیزانس برای تصرف مجدد ایتالیا و دیگر مناطق مهم امپراتوری روم غربی را خنثی کرد اما عبارت‌شناسی در اینجا گیج‌کننده است.
مورخان امروزه تمایل دارند که اصطلاح «طاعون ژوستینین» را به‌کار ببرند تا به مجموعه‌ای از شیوع طاعون اشاره کنند که پایان آنها حوالی ۷۵۰ در زمان ازبین رفتن ابتلا در اروپا، مدیترانه، خاورمیانه بوده و تا زمان بازگشت دوباره مرگ سیاه ، طاعون ژوستینین نخستین همه‌گیری است که شواهد کافی پیشا زیست‌شناختی و تاریخی برایش داریم که عامل ابتلا به آن یرسینیا پستیس (باکتری عامل طاعون) بوده که ۲۵ تا ۵۰ میلیون قربانی در سراسر اروپا و منطقه وسیع‌تر مدیترانه برجا گذاشت، ظاهرا به ایرلند و احتمالا در همان تاریخ به بریتانیا رسید گرچه این نامعلوم است. طاعون ژوستینین را معمولا سومین همه‌گیری بد در تاریخ بشر می‌دانند.
این طاعون باعث بیشترین مرگ‌ومیر در بین همه‌گیری‌های پیشاصنعتی شد اما نمونه‌های مثال‌زدنی دیگری هم از همه‌گیری‌های مرگبار بودند که عاملشان عمدتا یرسینیا پستیس نبود. دو نمونه از این شیوع‌ها «طاعون» آنتونین، همه‌گیری از جنس آبله از سال ۱۶۰ تا ۱۸۰ بوده که در ایتالیا حدود ۱۰ تا ۳۰ درصد کل جمعیت را کاهش داد (تخمین‌های قدیمی‌تر ۵۰ درصد می‌گویند؛ و دیگری نیز «طاعون قبرسی» مسلما نوعی از تب هموراژیک بوده که از ۲۴۹ تا ۲۷۰ بر کل امپراتوری روم اثرگذار بود. این همه‌گیری اخیر پیامدهای بلندمدت مهمی داشت.
دیگر همه‌گیری‌های مهم با تبادل کلمبیایی تداعی می‌شوند؛ یعنی مبادله بیماری‌ها مثل اندیشه‌ها، محصولات غذایی و جمعیت بین دنیای قدیم و جدید بعد از کلمبوس اروپایی‌ها هم عین انتقال طاعون از آسیا توسط مغولان دسته‌ای از بیماری‌ها را به قاره آمریکا آوردند که طاعون از آن دسته بود اما دیگر بیماری‌ها از لحاظ نفوذ و مرگ‌ومیر کلی غلبه داشته‌اند؛ سرخک، سیاه سرفه، آبله مرغان، آبله، تیفوس و مالاریا که مردم بومی در مقابل آنها هیچ دفاعی چه زیست‌شناختی (مصونیت، انتخاب) یا فرهنگی (اطلاعات اساسی درباره بیماری) نداشتند. ریزش چشمگیر جمعیتی بعد از ۱۴۹۲ فاجعه‌بار بود و تخمین‌ها درباره آن تا ۹۰-۸۵ درصد از کل جمعیت را در نقاط مختلف قربانی می‌دانند.
